미국 메인주립대학교(UoM)에 따르면 현재 인도네시아 양파농가에 가장 큰 리스크는 '줄기선충(Ditylenchus dipsaci)'의 확산이라고 밝혔다.인도네시아는 2016년부터 양파의 수입을 중단하고 순수출국으로 부상했다. 생산량은 크게 확대됐지만 현대식 농법의 보급이 뒤처져 선충 방제에는 취약한 상황이다.참고로 2010년 미국의 뉴욕과 캐나다의 온타리오에서 전체 마늘농가의 80%가줄기선충으로 인해 손실을 입은 사례가 있다. 선충은 마늘과 양파 종자에 잘 전염된다.줄기선충은 1.5mm 미만의 길이로 매우 작고 건조한 토양에서도 오래 버틸 수 있다. 이동성은 느리고 제한되지만 작물이나 관개수로를 통해 전염이 빠르게 확산된다.초기 전염증상은 작물의 크기가기존 보다 작게 자란다는 점이다. 마늘농가의 경우 초기 대응으로서 37~48℃의 물을 뿌린다. 이정도 온도면 선충이 죽기 때문이다.인도네시아 양파농가에서 할 수 있는 선제조치는 선충이 없는 깨끗한 종자를 선별하는 것이다. 위생검역만 제대로 해도 선충피해를 사전에 예방할 수 있기 때문이다.